Afin de rechercher la paternité, il existe différentes méthodes, notamment l'analyse de l'ADN du père, de l'enfant et de la mère, qui donnent des résultats complets et très fiables. Elles ont le désavantage de mettre plusieurs jours afin de pouvoir déterminer la filiation entre les individus.
Il existe une autre méthode qui permet de déterminer la paternité : l'étude des groupes sanguins et des phénotypes afin de déterminer l'affiliation entre plusieurs individus. Il faut savoir que la recherche de paternité est moins efficace en utilisant les différents systèmes de groupes sanguins, que le système HLA. Par contre, lorsque tous les systèmes de groupes sanguins sont utilisés, on obtient une fiabilité remarquable sur cette recherche d'affiliation.
La recherche d'affiliation à l'aide des groupes sanguins et des phénotypes érythtrocytaire passe par deux étapes différentes : l'exclusion de paternité et la probabilité de paternité. La première étape consiste à rechercher s'il y a ou non exclusion de paternité. La seconde étape, qui n'est pratiquée seulement lorsqu'il n'y a pas eu exclusion, consiste à calculer la probabilité de paternité.
Exclusion de parternité
La détermination de l'exclusion utilise deux règles. La première règle regarde les antigènes présents chez l'enfant : lorsqu'un antigène est présent chez l'enfant, il doit être présent soit chez la mère, soit chez le père. La deuxième règle se préoccupe de l'absence d'antigène : si un antigène est absent chez l'enfant alors qu'il aurait dû être transmis par ses parents. Par exemple, si l'enfant est de phénotype JK : +1,-2 et que le père est JK : -1,2, alors le père peut être exclu comme étant de la même affiliation que l'enfant. Attention, l'exclusion ne peut se faire sur un seul système, car des particularités existent dans la biosynthèse des antigènes.
Des exemples de transmissions particulières existent. Normalement un enfant A ne peut pas avoir une mère O et un père O selon la première règle d'exclusion. Mais, si l'on analyse plus précisément le groupe du père, on peut avoir un père bombay de groupe A. C'est à dire qu'il n'a pas l'antigène H qui permet la fixation des antigènes A sur les globules rouges. Dans ce cas, le père est réellement A. Nous voyons avec cet exemple que le laboratoire déterminant la paternité, ainsi que les experts en charge du dossier de recherche de paternité doivent connaitre toutes les particularités qui touchent les systèmes de groupes sanguins.
Ces exceptions existent également pour la seconde règle. Par exemple, un enfant peut être de groupe O alors que la mère est de groupe O et le père de groupe AB. Dans la grande majorité des cas, les enfants de père AB sont soit A, soit B. Mais lorsqu'on analyse plus précisément les allèles du père, on constate que le père a un allèle AB en position cis et un allèle O et non pas un allèle A et un allèle B. Il a donc transmis à son enfant l'allèle O.
Probabilité de paternité
Le calcul de la probabilité de paternité, ou plus exactement la validation de paternité, doit être réalisé lorsqu'il n'y a pas eu d'exclusion de la paternité. La probabilité de paternité est un indice qui concerne la mère, l'enfant et le père. Le calcul est basé sur le théorème de BAYES à partir de deux hypothèses exclusives : le père présumé n'est pas le père biologique et le père présumé est le père biologique.
Afin de bien utiliser le théorème de BAYES, il est indispensable de connaitre la fréquence génétique des différents systèmes testés dans la population de la famille et connaitre les lois de Mendel et de la génétique des systèmes examinés. Le laboratoire réalisant la recherche de paternité devra donc être expert dans ce domaine étant donné la complexité des analyses et des calculs de probabilité.